На странице загрузки, в примечаниях к выпуску (Release Notes) пишут об всех изменениях, а также о способах обновления, когда это требуется, как это было с переходом на NT7 (Critical: Review our Upgrade Guide first if upgrading from R2 or earlier of V7).
На сегодня обновляется без удаления старой версии, но как на форуме наблюдаем, возникают конфликты при этом, совместно которые пытаемся тут решить.
Причины могут быть различные и способы их решения.
Сначала пробуем обновиться стандартным способом, при этом сделать бэкап в Ninjatrader.
Возникают проблемы, пишем на форуме, ищем решение всем миром ( смотрим на золотое правило в конце каждой страницы), находим решение - отлично, ничего не помогает - тогда сносим программу, устанавливаем и восстанавливаем из бэкапа то что сохранили.